MIKROBIOLOGI PERTANIAN: Klasifikasi Bakteri

Actinobacteria

Actinobacteria atau Actinomycetes adalah kelompok bakteri Gram positif. Kebanyakan ditemukan di tanah. Mereka memainkan peranan yang penting dalam dekomposisi materi organik seperti selulosa dan chitin. Ini menambah cadangan nutrisi di dalam tanah dan merupakan bagian penting dari pembentukan humus. Actinobacteria lain tinggal di dalam tumbuhan dan hewan, termasuk beberapa patogen seberti Mycobacterium.

Kemampuan Actinobacteria untuk hidup di lingkungan bernutrisi rendah dan untuk mengkonsumsi lognoselulosa (komponen yang menyababkan tumbuhan busuk tidak biasanya dikonsumsi kebanyakan bakteri tanah) menyebabkan Actinobacteria menjadi mendominasi dalam karst rock system.

Anggota Actinobacteria kebanyakan aerob, tapi beberapa, seperti Actinomyces israelii, dapat tumbuh dalam kondisi anaerob. Tidak seperti Firmicutes, kelompok utama lain bakteria Gram positif, Actinobacteria memiliki DNA dengan GC-content yang tinggi dan beberapa jenis Actinobacteria memproduksi spora eksternal.

Genera meliputi: Actinomyces, Arthrobacter, Bifidobacterium, Corynebacterium, Frankia, Micrococcus, Micromonospora, Mycobacterium, Nocardia, Propionibacterium, Streptomyces

Aquificae

Filum Aquificae adalah grup bakteria yang tinggal di lingkungan ekstrim. Mereka dapat ditemukan di hot spring, kolam belerang, dan thermal ocean vents. Anggota genus Aquifex, misalnya, produktif di air dengan suhu antara 85 hingga 95 ° C. Mereka autotrof. Mereka adalah bakteria sejati (domain eubacteria) walaupun mereka tinggal di lingkungan ekstrim (bakteria yang tinggal di lingkungan ekstrim umumnya Archaea).

Bacteroidetes

Bacteroidetes tersusun atas tiga kelas besar bakteri yang tersebar di berbagai lingkungan, termasuk dalam tanah, dalam sediments, air laut dan di dalam perut hewan dan rayap. Anggota genus Bacteroides terkadang patogen dan anggota kedua kelas lainnya jarang bersifat patogen pada manusia.

Chlamydiae

Chlamydiae adalah filum bakteri yang secara alami ditemukan hidup hanya di dalam sel hewan (termasuk manusia), serangga, dan protozoa. Pada 1966, Chlamydiae dikenal sebagai bakteri dan genus Chlamydia disahkan (Moulder,1966; Page 1966). Ordo Chlamydiales dibuat oleh Storz dan Page pada 1971. Antara 1989 dan 1999, suku baru, genera dan spesies dikenal. Filum Chlamydiae established dalam Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (Second Edition Release 1.0, April 2001). Pada 2006, data genetis untuk lebih dari 350 lineage Chlamydia dilaporkan. Empat suku chlamydial dikenal (Chlamydiaceae, Parachlamydiaceae, Simkaniaceae, and Waddliaceae), dan suku lain diajukan (Rhabdochlamydiaceae) (Everett et al., 1999; Rurangirwa et al., 1999; Corsaro et al, 2006). Chlamydia parasit juga endosimbion, tergantung inang eukariotik dan spesies chlamydial.

Chloroflexi

Adalah kelompok bakteri yang memproduksi energi melalui fotosintesis. Mereka dinamakan atas dasar pigmen mereka yang hijau, biasanya ditemukan pada klorosom.

Chloroflexi berbentuk filamen dan dapat berpindah dengan cara meluncur (bacterial gliding). Mereka bersifat aerob fakultatif, tapi tidak memproduksi oksigen selama fotosintesis, dan memiliki metode berbeda untuk mengikat karbon (fotoheterotrofi) dari bakteri fotosintetik lainnya.

Cyanobacteria

Cyanobacteria atau ganggang biru-hijau adalah filum (atau "divisi") bakteri yang mendapat energi melalui fotosintesis. Jejak fosil cyanobacteria telah ditemukan sejak 3,8 miliar tahun lalu. Cyanobacteria sekarang adalah salah satu kelompok terbesar dan terpenting bakteri di bumi. Cyanobacteria secara tradisional diklasifikasikan menjadi lima kelompok, berdasar struktur tubuhnya yaitu: Chroococcales, Pleurocapsales, Oscillatoriales, Nostocales dan Stigonematales.